《秘密授课》是一部校园悬疑与成长漫画，讲述新来的年轻女教师真野响在重点高中担任问题班级的班主任。她发现班上学生成绩下滑背后隐藏着一个“秘密授课”组织，有人在放学后给学生们上非法补习课，内容涉及暗网和作弊。真野响独自调查，与学生斗智斗勇，逐渐揭开学校高层与补习黑幕的惊人关联，同时她也在授课中教会学生真正的勇气。
真野响在全校大会上公开秘密授课的证据，校长被迫辞职，学生们为她鼓掌，她含泪说出“你们才是我的老师”。
真野响假扮学生潜入秘密授课地点，发现组织头目竟是学校教导主任，他利用学生焦虑谋利。
班上最叛逆的学生小岛主动来找真野响，说愿意作证，但要求她先教他解一道数学题，那是他最后的倔强。
真野响通过电脑课追踪到补习资料来源，发现一个加密网站，里面存有全校学生的隐私数据和分数预测。
真野响收到一张匿名纸条“别多管闲事”，她反而更坚定，开始逐一家访，了解学生的真实压力。
开学第一天，真野响走进教室，学生们扔纸飞机、打游戏，她静静站在讲台上，等所有人安静后说：“我是来陪你们玩的。”